自闭症是由於生理因素形成。以前曾有学说认为自闭症和父母对子女冷漠有关，现在已肯定这是错误的说法。现时，有很多关於生理因素的研究结果:

      1. 遗传方面 自闭症儿童的兄弟姊妹有较高的机会患有自闭症。自闭症的一般发病率是一万份之二至四而前者是五十分之一。 自闭症的家族病历研究显示四份之一家庭有言语障碍病历。 孪生子研究显示同卵孪生有自闭症的可能性比异卵孪生的高，而且，前者有认知障碍的和合率达80%，而後者只是12%。 有些自闭症患者证实有FRAGILE X SYND-ROME。

      2. 器质性因素: 大约四份一自闭症儿童有羊间症，发病的时间通常在青少年期，而发病的可能性和弱智的程度有关。 从生化研究知道，自闭症患者的脑生化功能有异常现象。现时的证据指向与脑神经网络的信息传导有关。 有些研究显示脑结构的损坏，特别可能是聂叶地区。先进的仪器，如PET SCAN，能测示活脑的功能，初步迹象显示脑功能有异常。 神经生理学研究亦显示有些患者有异常脑电波。引发电位研究显示脑干功能异常。最新的脑电波脑影象研究亦显示聂叶地区有异常现象。 自闭症有时和一些病症有关，主要的包括德国麻疹，脑炎，笨酮尿症等。

     3. 其他方面 男性儿童有自闭症的机会被女性高，一般大约是三比一。同时女性患者的症状较为严重。 自闭症和弱智常常连在一起。大约三分之二的智商低於七十。 不能肯定自闭症是一种定形的还是进展的困难。但可知的是症状有反覆，有时进步到一个阶段又会停滞不前，或後退一些，然後又再进步。有时在青少年期又会退步。

     以上显示，自闭症的成因可能有多种，因此而产生的困难亦会有不同程度。

       有些自闭症儿童智商较高，言语能力较高，社交能力较高，较少异常行为，属於高能力组。有些自闭症儿童的能力刚刚相反，属低能力组。不同能力的自闭症儿童发展进度不同，而教导方法亦会不同。
       障碍研究另一方面的研究，是关於自闭症儿童发展障碍，它的种类、性质和程度。 可以肯定主要障碍是认知方面的，而不是情绪上或心理上的问题。以前有学说认为自闭症儿童不和外界交往，走由於他们有太多事物去思索，亦即他们的思想太丰富，因而脱离了现实，现在可以肯定这种说法是错误的。他们不和别人接触是由於他们不懂怎样去做，不明白别人的言语、行为、表情，不懂作出适合情形的反应。因此他们的困难是识得太少而不是识得太多。 他们的认知障碍令他们的理解和表达都受到严重影响，令言语和社交发展迟缓及异常。 另外他们的行为亦有异常表现，有一种共通性是常常重覆，不能适应新环境。例如有重覆性的无聊动作，无聊的仪式，不能把学到的东西从一个场合转到另一个场合运用，不能改变惯常的规则去适应新环境等。 还有一些常常出现，但不是特别属於自闭症的行为，例如过份活跃、暴力倾向、自我损伤、强烈的恐惧、情绪不稳定、睡眠困难等。 另外，刚才提过的困难亦会影响自闭症儿童学习自我照顾与及当他们学了不良习惯时就很难改好。